Pierwsze ślady działalności kół naukowych na Wydziale Chemicznym PW można znaleźć w materiałach z 1915, kiedy to wznowiono na Politechnice nauczanie w języku polskim. Opiekunem powstałego wówczas Koła Chemików był prof. Wojciech Świętosławski, a głównym celem okazało się zgromadzenie jak najliczniejszego zbioru książek i materiałów dydaktycznych. Poza tym Koło organizowało liczne odczyty, wycieczki naukowe do fabryk i ośrodków przemysłowych. Ważną częścią działalności było również reprezentowanie studentów w kontaktach z władzami Wydziału i Uczelni.
Działalność koła naukowego na przestrzeni lat była kilkukrotnie zawieszana i wznawiana. W obecnej postaci zostało reaktywowane 29 maja 2001 jako Koło Chemików „Flogiston”. Inicjatorami reaktywacji byli trzej studenci Wydziału Chemicznego: Michał Bieniek, Wojciech Bury i Adam Sobczuk. W organizacji pomógł im dr hab. inż. Michał Fedoryński, prof. PW, który do dnia dzisiejszego pełni funkcję opiekuna Koła. Swoją działalność Koło rozpoczynało od organizacji prac naukowych poszczególnych członków w grupach badawczych Wydziału Chemicznego, wyjazdów do zakładów chemicznych i na konferencje dla członków. Koło podjęło się również przeprowadzenia Ankiet Dydaktycznych (dotyczących prowadzących wykłady oraz ćwiczenia). Wraz z sześcioma innymi kołami naukowymi „Flogiston” zawiązał „Porozumienie Kół Naukowych” (PKN) i z listy tego porozumienia reprezentował koła naukowe i Wydział Chemiczny w Parlamencie Studentów Politechniki Warszawskiej.
Szybko narodziła się również idea stworzenia i zorganizowania własnej konferencji chemicznej, która już w roku 2003 zaowocowała I Europejskim Kongresem Młodych Chemików „YoungChem”. Konferencja odbyła się w Zakopanem i zgromadziła uczestników z sześciu europejskich krajów (Polska, Szwecja, Słowacja, Czechy, Niemcy, Łotwa). Z biegiem czasu konferencja zyskała na znaczeniu na arenie międzynarodowej i gromadziła coraz większą ilość uczestników z różnych państw całego świata, jednocześnie zmieniając nazwę z Europejskiego na Międzynarodowy Kongres młodych Chemików w 2006 roku. „YoungChem” został również wielokrotnie doceniony przez Studencki Ruch Naukowy „StRuNa”, organizujący konkurs m.in. na najlepszą konferencję. Kilkukrotnie otrzymał wyróżnienie, a w 2012 roku zajął I miejsce.
Od 2007 „Flogiston” organizował także drugą konferencję – Warszawskie Forum Dyplomantów „ChemoFor”. Była to konferencja jednodniowa, skierowana do magistrantów kierunków chemicznych z uczelni warszawskich, w czasie której mogli oni zaprezentować wyniki swoich badań w formie posterów. W związku z malejącym zainteresowaniem grupy docelowej, w 2012 roku odbyła się ostatnia – VI edycja „ChemoForu”. Mimo to idea współpracy pomiędzy studentami uczelni nie skończyła się wraz z końcem „ChemoForu”. Już w następnym roku ruszyła pierwsza edycja kolejnego cyklicznego wydarzenia organizowanego przez „Flogiston” we współpracy tym razem ze studentami kół naukowych uczelni warszawskich – Festiwalu Nauki „Skołowany Weekend”. Jest to impreza skierowana do uczniów szkół podstawowych, gimnazjalnych i średnich, mająca na celu popularyzację nauki. Koła Naukowe przygotowują wykłady, warsztaty oraz pokazy z dziedzin nauki, którymi się zajmują, w taki sposób, aby przekonać uczniów, że nauka może być ciekawa, a wręcz pasjonująca. Początkowo wydarzenie było podzielone na trzy tygodnie – oddzielnie dla każdej grupy wiekowej, ale od II edycji wszystkie wykłady odbywają się w ciągu jednego weekendu.
Działalność popularyzatorska towarzyszy „Flogistonowi” od początku jego istnienia. Aby robić to jak najlepiej, została powołana Sekcja Pokazów, która organizuje pokazy i warsztaty dla dzieci i młodzieży, na których prezentowane są ciekawe i efektowne doświadczenia. „Flogiston” jest w szkołach, domach dziecka, na piknikach i festiwalach (m.in. na Pikniku Naukowym Polskiego Radia (dawniej Radia „BIS”), Festiwalu Nauki Małego Człowieka, Dniu Odkrywców w Rzeszowie). Aby dotrzeć do jak największej liczby osób działalność Koła nie ogranicza się tylko do Polski. Kilkakrotnie gościło na The Korea Science Creativity Festival – festiwalu naukowym organizowanym przez KOFAC. „Flogiston” również brał udział w akcji organizowanej przez PW „Koła Naukowe uczą na Litwie”, gdzie trzy koła naukowe z Politechniki prowadziły tygodniowe warsztaty w szkole podstawowej. Dotarcie do szerokiej publiczności ułatwiają także środki masowego przekazu, takie jak radio czy telewizja – „Flogiston” ma na swoim koncie liczne występy w programach telewizyjnych np. „Kawa czy herbata”, „Dzień dobry TVN”, „Telewizyjny Kurier Warszawski”, „Jak to działa?” oraz audycjach radiowych. Mnóstwo kolorów, trochę hałasu, błysków, dymów i wybuchów – to z całą pewnością zwraca na siebie uwagę i jest w stanie zainteresować, zwłaszcza, gdy jest sprawnie połączone i zaprezentowane w klarowny i zabawny sposób. A i możliwość zrobienia czegoś samemu sprawia dzieciom wiele radości. Taka działalność jest doceniana nie tylko przez małych naukowców. W 2014 roku „Flogiston” otrzymał wyróżnienie w konkursie „Popularyzator Nauki” – organizowanym przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oraz serwis Nauka w Polsce Polskiej Agencji Prasowej. W 2015 roku Polska Izba Przemysłu Chemicznego mianowała Koło „Ambasadorem Polskiej Chemii”.
Dzięki tak szerokiej działalności Koła nie tylko uczestnicy pokazów i warsztatów mogą się czegoś nauczyć, ale także członkowie „Flogistonu”. Przy organizacji zarówno dużych jak i małych imprez mogą zdobyć mnóstwo nowych umiejętności, zobaczyć wiele nowych miejsc oraz poznać ciekawych ludzi. Ale nie tylko ciężka praca daje takie możliwości. Świetnym przykładem może być dydaktyczna podróż po Europie, która odbyła się w 2015 roku, której głównym celem było zwiedzenie Europejskiej Organizacji Badań Jądrowych (CERN). Podczas podróży można było przekonać się na własne oczy, jak w praktyce wyglądają i funkcjonują wielkie instalacje przemysłowe wiodących koncernów chemicznych, takich jak BASF czy Bayer oraz jak funkcjonują inne wydziały chemiczne w Pradze i Monachium. Bardzo przyjemną częścią wyjazdu były odwiedziny w fabryce czekolady Cailler w Brocu oraz w browarze w Pilznie, zwłaszcza że w ich trakcie możliwa była degustacja wytwarzanych wyrobów. Z takiej wycieczki można wynieść naprawdę wiele, nie tylko pod względem naukowym, ale także z powodu zobaczenia wielu pięknych miejsc i poznania kultury innych krajów.
Tego typu wyjazdu wpływają pozytywnie na członków Koła – motywują do dalszej pracy oraz dają szansę na to abyśmy lepiej się poznali i zintegrowali. W tymże celu organizowany jest również na początku każdego roku akademickiego wyjazd integracyjny, na którym nowe osoby mogą lepiej poznać starszych członków oraz dowiedzieć się od nich wielu rzeczy na temat działalności „Flogistonu”, a to wszystko w atmosferze dobrej zabawy.
7 grudnia 2015 roku Chemiczne Koło Naukowe “Flogiston” otrzymało tytuł Ambasadora Polskiej Chemii, tytuł przyznawany przez Polską Izbę Przemysłu Chemicznego za działalność na rzecz promocji polskiego przemysłu chemicznego i marki Polska Chemia
„Flogiston” w swoich działaniach stawia przede wszystkim na profesjonalizm i przyjazną atmosferę. I tak jak kiedyś alchemicy poszukiwali „ducha” materiałów, tak dla wielu studentów duch Wydziału Chemicznego także nazywa się Flogiston!